La mayoría de los hongos comestibles saprófitos, descomponen-madera, los hongos saprófitos son los recicladores de primera clase en el planeta. La red de micelios filamentosos está diseñada para tejer entre y a través de las paredes celulares de las plantas. Las enzimas y los ácidos que segregan degradan grandes complejos moleculares en compuestos más simples. Todos los ecosistemas dependen de la capacidad de los hongos de descomponer la materia orgánica vegetal, poco después se vuelven disponibles. El resultado final de su actividad es el regreso del carbono, hidrógeno, nitrógeno, y minerales de nuevo al ecosistema en una forma utilizable para las plantas, insectos y otros organismos.
Como descomponedores, pueden ser separados en tres grupos claves. Algunas especies de hongos cruzan de una categoría a otra, dependiendo de las condiciones reinantes.
Descomponedores Primarios: Todas las especies de Pleurotus y los shii takes (Lentinula edodes).
En el caso de los Pleurotus (aquí en México a este género se le conoce a nivel comercial, como setas, en Estados Unidos Oyster mushroom), se cultiva de manera comercial en paja de trigo, avena, centeno, maíz, cebada. Los shii takes se cultivan principalmente en aserrín de madera de encino).
Setas
Descomponedores Secundarios: Los champiñones (Agaricus bisporus). El sustrato debe estar en descomposición, por lo tanto lleva un proceso de fermentado de los ingredientes, para esta composta el ingrediente básico es la paja de cereales.
Champiñon
Descomponedores Terciarios: Incluye especies de Conocybe, Agrocybe y Pluteus.
Agrocybe
